Bệnh sốt rét đặc biệt nguy hiểm khi mang thai và sự nghiêm trọng của bệnh quan trọng hơn bất kỳ nguy cơ nào do điều trị gây nên.
Tuy thai nhi bị dị thường do kết hợp với sử dụng cloroquin liều cao, nhưng kinh nghiệm lâm sàng nhiều nơi cho rằng điều trị này là an toàn; Tuy nhiên, nên hạn chế sử dụng do tính kháng thuốc. Có thể sử dụng quinin nếu bệnh kháng cloroquin, nhưng đề phòng bệnh nhân giảm glucose huyết. Khó dùng thêm thuốc khác vì còn nhiều ý kiến khác nhau. Việc điều trị không liên tục với pyrimethamin-sulifadoxin (Fansidar) (1 liều vào quí thứ 2 và 1 liều vào quí thứ 3 của thai kỳ 1) có thể làm giảm nguy cơ thiếu máu nặng vào cuối thai kỳ ở vùng có dịch sốt rét địa phương, mặc dù có một số lo lắng về kháng thuốc. Hơn nữa, có một số người coi như phải tránh dùng sự kết hợp thuốc pyrimethamin, đặc biệt trong quí đầu mang thai.
Các tetracyclin bị chống chỉ định vì có tác dụng phụ ở răng; độ an toàn của mefloquin, halofantrin và atovaquon không được hoàn toàn xác định, mặc dù người ta gợi ý, hiện nay là dùng để phòng bệnh từ tháng thứ 4 khi mạng thai. Đối với bệnh nhân bị sốt rét do falciparum vivax hay oval trong thời gian mang thai, việc dùng primaquin phải được hoãn lại cho đến sau khi đẻ. Có thể dùng cloroquin hàng tuần trong thời gian có mang còn lại.
